企业运费计入付款会计科目。付款会计科目是指企业实际付出的各种款项，包括运费、税款等，用以准确反映企业实际费用支出情况。
在这里，企业实际付出的运费被记入付款会计科目，也就是借方，具体来说，企业运费可以记入应付账款科目、运费科目或借方现金科目。
首先，如果针对运费支付的对方是某第三方物流公司的话，那么可以直接记入应付账款科目，将运费明细列为贷方，应付账款科目列为借方。
其次，如果运费发生在企业内部，倘若存在专门的运费科目，那么企业可以将运费细目记入该运费科目，将相应金额记入借方；如果没有运费科目，那么可以将运费记入现金科目，也就是借方现金科目。
最后，还要注意的是，即便企业付款时，有可能付款的金额不止运费，可能还有其他费用，例如税款等，那么在这种情况下，这些不同的费用应该分开记录，不能将这些不同的费用混合在一起，这样才能确保会计记录准确可靠。
在总结一下，企业运费计入付款会计科目，准确反映企业实际支出，针对不同情况，企业可以将运费记入应付账款科目、运费科目、借方现金科目等，而在涉及多种费用支出时，要按照实际支出分开记录，以确保账务准确性。
拓展知识：企业运费计入付款会计科目的同时，将支付的运费计入产品成本是企业成本管理的重要环节，一般企业会设立一套完善的成本管理制度，以便于对运费及其他成本支出情况进行精确管理，从而控制企业成本，确保公司利润稳定增长。